Contrôle de TVA : qu’est-ce qui peut attirer l’attention de la DGFiP ?

Aucun seuil public ne permet d’affirmer qu’un montant de crédit de TVA ou un nombre de retards déclenche automatiquement une vérification de comptabilité. La DGFiP ne publie pas de liste exhaustive de critères. Elle peut repérer des anomalies dans les déclarations et rapprocher plusieurs données, puis un agent examine le dossier avant toute action visant l’entreprise.

Ce qui compte pour une entreprise n’est donc pas de deviner un « seuil secret ». C’est de pouvoir expliquer sa TVA collectée, sa TVA déductible et les opérations qui figurent dans sa comptabilité. Voici les situations concrètes qui peuvent appeler une question, et les pièces à garder sous la main.

Un signal ne signifie pas forcément une vérification de comptabilité

Le mot « contrôle » recouvre plusieurs démarches. Dans un contrôle sur pièces, l’administration examine depuis ses bureaux les déclarations et les éléments de son dossier. Elle peut relever une erreur ou demander des précisions. Un examen de comptabilité se déroule à distance à partir du fichier des écritures comptables. Une vérification de comptabilité examine la comptabilité de l’entreprise, généralement sur place. Ces procédures ne sont pas interchangeables et leurs garanties diffèrent, comme le précise le BOFiP sur les modalités du contrôle.

La DGFiP utilise également l’analyse de données pour orienter une partie de ses contrôles. Son rapport d’activité 2025 indique que 56 % des contrôles des professionnels ont été programmés avec l’aide de ces technologies. Ce chiffre concerne les contrôles des professionnels en général, pas les seuls contrôles de TVA. La présentation officielle du dispositif CFVR précise qu’un agent analyse le dossier avant qu’un contrôle ou une action soit engagé.

Six situations de TVA à savoir expliquer

Les situations suivantes ne constituent ni un classement officiel, ni des déclencheurs automatiques. Elles illustrent les points qu’une entreprise devrait pouvoir justifier si la DGFiP lui pose une question.

1. Une déclaration attendue manque ou arrive en retard

Selon son régime, une entreprise doit déposer une déclaration CA3, une déclaration annuelle CA12 ou des acomptes. Une période absente ou une déclaration tardive est directement visible dans le dossier fiscal. Le contrôle sur pièces sert notamment à vérifier que les déclarations attendues ont bien été déposées. Un retard isolé ne signifie pas qu’une vérification de comptabilité va suivre.

Vérifiez d’abord le rythme qui correspond à votre régime de TVA, puis conservez les accusés de dépôt et les explications des périodes atypiques. Une entreprise en franchise en base n’a normalement pas de déclaration de TVA à déposer tant qu’elle relève de ce régime.

2. Les montants déclarés ne se rapprochent pas facilement de la comptabilité

La TVA collectée déclarée devrait pouvoir être rapprochée des factures de vente et des écritures. Même logique pour la TVA déduite sur les achats. Un écart peut être légitime : avoir, acompte, décalage d’exigibilité ou régularisation. S’il n’est ni identifié ni documenté, il devient difficile à expliquer.

Avant chaque dépôt, préparez un rapprochement simple : ventes, TVA collectée, achats, TVA déductible, avoirs et solde déclaré. Le BOFiP décrit précisément le contrôle des déclarations à partir des renseignements déjà détenus par l’administration. Cela ne signifie pas que tout écart ponctuel figure dans un algorithme de sélection.

3. Vous demandez le remboursement d’un crédit de TVA

Un crédit de TVA peut être parfaitement normal, par exemple après un investissement ou pendant une phase de lancement. En demander le remboursement n’est pas un aveu d’erreur et ne déclenche pas automatiquement une vérification de comptabilité.

En revanche, chaque demande est examinée par le service des impôts des entreprises. Celui-ci peut demander des factures ou des justificatifs supplémentaires. Préparez les factures d’achat, l’explication du crédit et la preuve que les dépenses ouvrent droit à déduction.

4. La TVA déduite repose sur des factures difficiles à justifier

Une facture payée n’ouvre pas, à elle seule, un droit à déduction. Le BOFiP sur la TVA déductible rappelle notamment que l’achat doit servir à des opérations ouvrant droit à déduction, que la TVA doit être portée sur une facture et qu’elle doit avoir pu être légalement facturée.

Il faut toutefois éviter le raccourci inverse : une mention erronée ne fait pas automatiquement perdre la déduction si l’opération est réelle et que les autres conditions sont remplies. De même, un numéro de TVA qui appelle une vérification n’établit pas à lui seul une fraude. La bonne réaction consiste à demander une clarification ou une facture rectifiée au fournisseur, puis à conserver la preuve de l’opération.

5. Le taux ou la période de TVA paraît incohérent

Une facture à 10 % alors que l’opération relève du taux de 20 %, ou une déduction portée sur la mauvaise période, peut nécessiter une correction. L’exigibilité de la taxe et la date à laquelle la facture est reçue ne se confondent pas toujours. Il faut vérifier le cas concret avec le logiciel comptable ou un professionnel.

La DGFiP donne précisément un exemple de taux mal appliqué pouvant être corrigé par une déclaration rectificative. Une erreur de bonne foi corrigée spontanément ne suit pas le même traitement qu’une omission délibérée ou qu’un dépôt tardif.

6. Une opération intracommunautaire n’est pas suffisamment documentée

Pour exonérer de TVA une livraison de biens vers un autre État membre de l’Union européenne, plusieurs conditions doivent être réunies. Le BOFiP mentionne notamment l’identification de l’acquéreur à la TVA dans un autre État membre, la réalité de l’expédition et le dépôt de l’état récapitulatif, avec une possibilité de justifier un manquement sur ce dernier point. Une facture seule ne prouve pas le transport.

Conservez selon le cas le numéro de TVA communiqué, l’état récapitulatif, la commande, les documents de transport, le bon de livraison et les échanges avec le client. Ces pièces permettent d’expliquer le régime appliqué sans prétendre qu’une vérification de numéro suffit à sécuriser toute l’opération.

Que préparer si la DGFiP vous contacte ?

Commencez par identifier la période, la taxe et les documents demandés. Une demande relative à un remboursement de crédit de TVA n’a pas nécessairement la même portée qu’un avis d’examen ou de vérification de comptabilité.

Rassemblez ensuite :

1. les déclarations de TVA et leurs accusés de dépôt ;
2. le rapprochement entre les déclarations, les ventes, les achats et la comptabilité ;
3. les factures d’origine et les avoirs concernés ;
4. les contrats, bons de livraison et preuves de transport si nécessaires ;
5. une explication datée des crédits, corrections ou variations inhabituelles.

Répondez dans le délai indiqué et faites relire votre réponse par votre expert-comptable lorsque le sujet est complexe. En cas d’examen ou de vérification, consultez la charte des droits et obligations du contribuable vérifié. Elle décrit les garanties attachées à ces procédures.

Si vous découvrez vous-même une erreur, n’attendez pas qu’elle soit soulevée : la DGFiP explique comment déposer une déclaration rectificative. Les effets du droit à l’erreur dépendent notamment de la bonne foi et du moment de la correction ; il ne couvre pas un dépôt tardif ou un paiement en retard.

Questions fréquentes sur le contrôle de TVA

Un crédit de TVA important déclenche-t-il automatiquement un contrôle ?

Non. Il n’existe pas de seuil public qui déclenche automatiquement une vérification de comptabilité. Toute demande de remboursement est examinée et peut donner lieu à une demande de justificatifs. Un crédit important peut être parfaitement justifié par l’activité de l’entreprise.

La DGFiP peut-elle décider seule avec une intelligence artificielle ?

Non. Les outils d’analyse aident à orienter la programmation, mais la DGFiP indique qu’un agent doit d’abord examiner le dossier. Le pourcentage publié pour 2025 porte sur l’ensemble des contrôles des professionnels, pas spécifiquement sur la TVA.

Une facture électronique techniquement valide suffit-elle lors d’un contrôle de TVA ?

Non. Elle peut aider à établir que certaines données et certains calculs sont cohérents, mais il faut aussi pouvoir justifier l’opération réelle, le régime de TVA appliqué et le droit à déduction. À l’inverse, une erreur formelle isolée sur la facture n’emporte pas nécessairement la perte de ce droit.

Un numéro de TVA invalide prouve-t-il que mon fournisseur fraude ?

Non. C’est un point à éclaircir, pas une conclusion juridique. Vérifiez l’identité de l’entreprise, contactez le fournisseur et conservez les explications ou la facture rectifiée. Le droit à déduction dépend des faits et des règles applicables à l’opération.

Ce qu’un contrôle préalable de facture peut faire, et ne peut pas faire

Avant d’enregistrer une facture d’achat, vous pouvez vérifier sa structure et ses montants, puis comparer les identifiants du fournisseur avec les sources officielles disponibles. Cela aide à repérer une incohérence assez tôt pour demander une correction. Pour une vue plus large, consultez aussi notre article sur les signaux de contrôle fiscal d’une entreprise.

Ce contrôle préalable ne prédit ni une sélection par la DGFiP, ni l’issue d’une procédure. Il ne vérifie pas que la prestation a réellement eu lieu, ne garantit pas que le bon taux de TVA s’applique à chaque vente et ne certifie pas votre droit à déduction.

Limites du service

Cet article présente des informations générales issues des sources officielles consultées le 19 septembre 2026. Il ne donne ni les critères internes de sélection de la DGFiP, ni un avis fiscal adapté à votre entreprise. En cas de demande de l’administration, de litige ou de montant important, consultez votre expert-comptable ou un conseil qualifié.

MaFactureOK est un outil de contrôle de factures, pas une plateforme agréée. Il ne transmet pas les factures à l’administration et ne peut ni empêcher un contrôle de TVA, ni garantir son résultat. Chaque analyse se limite aux vérifications explicitement affichées.